Він визнаний майстер сучасної української прози, автор повістей і романів «Гайдамаки», «Серце і камінь», «Крапля крові», «Останній острів», «Смерть Сократа», «Біль», «Суд над Сенекою», «Гетьманський скарб» , «Рубіж», «Яса», «На брата брат», «Час звіра». В цілому за три десятиліття літературної праці Юрій Мушкетик опублікував понад десяти романів, низку повістей і збірок оповідань, кілька п'єс.