Станом на 1.01.2016 року фонд бібліотеки налічує понад 500 000 прим. (державною мовою - 50 % від загального фонду), серед яких понад 320 000 книг та близько 30 000 періодичних видань (газети та журнали). У структурі фондів: 50 % - навчальна література, 42 % - наукові видання, 7.9 % - художня література, 1% - рідкісні і особливо цінні документи. Щорічно фонди Наукової бібліотеки поповнюються понад 20 000 примірників.

Гордістю Наукової бібліотеки Національного університету “Острозька академія” є фонд приватних колекцій (Колекції), що нараховує 30 колекцій (станом на 1.01.2016 р.) видатних українських вчених, просвітників, представників української діаспори з Канади, США, Польщі та інших країн.

Значну наукову та історико-культурну цінність становить фонд рідкісних видань, зокрема стародруки XVI-XIX століття, серед яких: “Часослов з місяцесловом”(Почаїв,1759 р.), “Києво-Печерський Патерик”, “Апостол” (Львів, 1654 р.), “Annales ecclesiastici” (Кьольн, 1624 р.) та інші. У бібліотечних фондах знаходиться унікальна колекція “Полное собрание законов Российской Империи”, зібрані починаючи з ”Соборного Уложения” 1649 року і завершуючи 1913 роком. Книгосховища Наукової бібліотеки Національного університету “Острозька академія” також містять 50 томів “Енциклопедичного Словника” Ф. А. Брокгауза та І. А. Ефрона. Серед цінних періодичних видань, якими володіє Наукова бібліотека, слід виділити “Волинські Єпархіальні Відомості”, подаровані Державним Історико-культурним Заповідником м. Острога.

Значною популярністю серед читачів Наукової бібліотеки користуються наші власні електронні ресурси, зокрема електронна бібліотека рекомендованої літератури та спеціальних колекцій (http://litpro.oa.edu.ua/, http://litpro2.oa.edu.ua/), цифровий архів (http://eprints.oa.edu.ua/), колекція світової класичної музики (http://lib.oa.edu.ua/funds/music/) та інші.