Наукові праці Володимира Крекотня стали значним внеском в українську медієвістику. Зокрема, «Байки в українській літературі XVII – XVIII ст.» (1963р.), «Оповідання Антонія Радивиловського». 

Літературознавець також багато працював над перекладами з староукраїнської мови на сучасну українську мову творів митрополита Ілларіона Київського, Касіяна Саковича, Івана Величковського, Лазаря Барановича, Мелетія Смотрицького, Кирила Транквіліона-Ставровецького та ін. Ним написані розділи до «Історії української літератури у 8 томах», «Історії української літератури у двох томах»; наукові статті до колективних збірників та антологій.

Сотні статей написані філологом для «Української Радянської Енциклопедії» та «Української Літературної Енциклопедії». Крім того, В.Крекотень надрукував статті про наукову творчість В.Перетца, В.Адріанової-Перетц, С.Маслова, О.Назаревського.